Liên minh thứ tư thành hình chỉ sau Liên minh thứ ba vài tháng, gồm Anh, Nga, Phổ, Thụy Điển và tiểu bang tự do Sachsen. Vào ngày 12 tháng 7 năm 1806, Napoléon lập Liên bang Rhein (Rheinbund) gồm các bang trong Đế quốc La Mã thần thánh và Đức, các bang nhỏ thì nhập vào đất công tước hoặc vào vương quốc lớn hơn. (Các CH Bayern và Sachsen được Napoléon lập thành các vương quốc). Nước Phổ không chấp nhận ưu thế của Pháp bành trướng tới tận cửa ngõ của mình. Ngày 9 tháng 8 năm 1806, do Anh thúc đẩy, vua Phổ Friedrich Wilhelm III ra lệnh tổng động viên để gây chiến với Pháp. Khi đó quân đội Nga còn ở xa Phổ. Tháng 9 năm 1806 Napoléon tập trung khoảng 160.000 quân ở vùng sông Rhine rồi tiến tới Phổ (sau đó còn thêm quân tiếp viện). Cuộc tiến quân nhanh của Pháp đã làm xẹp ý chí chiến đấu của quân đội Phổ, gồm 250.000 người.

Quả nhiên Napoléon và thống chế Louis-Nicolas Davout đã đánh bại quân Phổ ở các trận Jena và Auerstedt ngày 14 tháng 10 năm 1806. Quân Phổ bị chết 25.000 người, 150.000 người bị bắt làm tù binh, Pháp tịch thu 100.000 súng trường và 4.000 súng đại bác. Ngày 27 tháng 10 năm 1806, Napoléon vào Berlin. Ông ta viếng mộ Friedrich II của Phổ và tuyên bố trước các tướng lãnh Pháp: "Nếu ông ta còn sống thì ngày hôm nay chúng ta không thể tới đây". Tính chung Napoléon chỉ mất 19 ngày, từ khi bắt đầu trận chiến tới khi vào Berlin. Sau thất bại này, Phổ ký hiệp ước đình chiến tại Charlottenburg (Berlin). Tại Berlin, Napoléon ban bố một loạt sắc lệnh, có hiệu lực từ 1 tháng 11 năm 1806, chủ trương một cuộc Phong tỏa lục địa9, cấm mọi việc buôn bán với Anh trong các nước chịu ảnh hưởng của Pháp. Quân đội Anh thời đó đã giảm bớt còn khoảng 220.000 người, đối với Đại quân Pháp có lúc trên 1 triệu quân, kể cả quân các nước đồng minh và vệ binh. Trái lại hạm đội Anh gây khó cho việc buôn bán hàng hải của Pháp, nhưng không gây trở ngại cho việc buôn bán trên lục địa, và cũng không đe dọa lãnh thổ Pháp. Hơn nữa, dân số và việc sản xuất (kỹ nghệ, nông nghiệp) của Pháp cũng vượt trội Anh. Tuy nhiên việc làm chủ trên biển đã cho Anh một sức mạnh đáng kể, khiến cho Pháp khó có một nền hòa bình vững chắc, và Anh cũng có thể lập Liên minh chống Pháp bất cứ lúc nào.

Napoléon tiến lên phía Bắc để đối đầu với quân Nga và mưu toan chiếm thủ đô mới của Phổ là Königsberg (nay là Kaliningrad (Nga), một động tác chiến thuật trong trận ác chiến tại Eylau10 (Phổ) ngày 7 và 8 tháng 2 năm 1807, buộc Nga phải rút lui. Sau khi chiếm Dantzig (nay là Gdansk, Ba Lan), Napoléon cũng thắng trận quyết định ở Friedland ngày 14 tháng 6 năm 1807. Cuộc bại trận này buộc sa hoàng phải ký hòa ước Tilsit11 (Phổ) ngày 7 tháng 7 năm 1807. Mạnh vì chiếm được các đất đai mới của Phổ, Napoléon cho tái lập nước Ba Lan khi lập Đại công quốc Warszawa. Tại Hội nghị Erfurt (1808), Napoléon và Sa hoàng Aleksandr I ký một hiệp định, theo đó Nga sẽ buộc Thụy Điển tham gia vào cuộc Phong tỏa lục địa. Lời hứa này dẫn tới Chiến tranh Phần Lan (1808 - 1809) giữa Nga và Thụy Điển, và Nga thắng. Thụy Điển bị chia cắt thành 2 phần, ranh giới ở vịnh Bothnia, phần phía đông sáp nhập vào Nga, tạo thành Đại công quốc Phần Lan.